1. Předražená zakázka hotelového komplexu
V době, kdy kandidoval Jan Fischer na prezidenta, se objevila informace o několika předražených zakázkách na ministerstvu obrany v době, kdy byl předsedou úřednické vlády. Předmětem kontroverze se stal kvůli zakázce hotelového a ubytovacího komplexu v Ústřední vojenské nemocnici Praha. Mělo se jednat o více než pětimiliardovou zakázku modernizace této nemocnice, během níž měl vzniknout komplex s hotelem, kongresovým centrem, bazénem a parkovišti. O zakázce se rozhodovalo pouhé 4 dny před volbami, po kterým měla Fischerova vláda skončit. Zakázku zrušila později vláda Petra Nečase.
2. Spor o Prunéřov
Fischer působil ve funkci premiéra ČR od dubna 2009 do července 2010. I když to není tak dlouhé období, nevyhnula se jeho vláda personálním obměnám. Z vlády musel odejít ministr životního prostředí Jan Dusík (Strana zelených). V té době se mluvilo o tom, že Fischer vyvíjel na Dusíka nátlak, aby se rozhodl ohledně přestavby uhelné elektrárny Prunéřov. Dusík se dostal mezi mlýnské kameny, když nesouhlasil s koncepcí přestavby elektrárny Prunéřov, kterou navrhl ČEZ a chtěl změnu, což ale Jan Fischer neakceptoval. Dalšího stanoviska se však Fischer od ministerstva životního prostředí nedočkal, protože Dusík rezignoval.
3. Vazba na uhelnou lobby?
V únoru 2010 obvinil Martin Bursík (Strana zelených) Jana Fischera z toho, že podlehl uhelné lobby. Bursík poukázal na vazby mezi společností Czech Coal a Vladimírem Mlynářem, což byl Fischerův poradce. Bývalý vicepremiér Bursík také naznačil, že se Fischer zná s předsedou dozorčí rady Czech Coal Janem Dobrovským, což Fischer připustil. Důrazně však odmítl, že by při jednání o horním zákonu na půdě sněmovny podlehl uhelné lobby a odmítl, že by jednal korupčně.
4. „Žid, který uhne“
Kritikem Jana Fischera byl třeba někdejší premiér Mirek Topolánek, kterému se nelíbilo prodloužení mandátu úřednické vlády. Topolánek Fischera nominoval a v prvních měsících jeho vlády proti němu němu nic nenamítal, v dlouhodobějším horizontu však s jeho kroky spokojen nebyl a označil jej za slabého premiéra. V březnu 2010 při rozhovoru s redaktory magazínu Lui pronesl památný výrok: "Gustav Slamečka, když jde do tuhého, tak uhne. Fischer, ten je Žid, není gay, uhne ještě dřív. To souvisí s jeho charakterem." Jednalo se o neformální část rozhovoru, která se však dostala na veřejnost. Topolánek se za svá slova omluvil a snažil se vše vysvětlit, Jan Fischer se rozzuřil.
5. Kontroverzní podpora fotovoltaiky
Fischerovi bývá vyčítáno také pozdní zastavení boomu solárních elektráren, kvůli čemuž měly vzrůst domácnostem náklady na elektřinu. Aby tomu zabránil, měl se dle Topolánka snažit prosadit změnu zákona o fotovoltaice ve Sněmovně, když měl příležitost, ale on neudělal nic, protože neměl dostatek odvahy. Sám Fischer reagoval na toto obvinění tím, že v té době nebyla politická vůle něco změnit. Hájil se také tím, že daný problém zdědil.
A zde nabízíme 10 nejpodivnějších výroků našich politiků v roce 2018: hlavně nebuďte zpovykaní.